瑞复美/来那度胺治疗CLL患者癌基因突变的临床意义

　　瑞复美/来那度胺在慢性淋巴细胞白血病 (CLL) 中具有临床活性，但其在 CLL 突变环境中的有效性尚不清楚。我们对在我们机构接受基于来那度胺治疗的 102 名初治 CLL 患者（TN 患者）和 186 名患有复发/难治性疾病的 CLL 患者（R/R 患者）的样本中的 295 个癌症基因进行了靶向捕获测序。最常发生突变的基因是SF3B1(15%)，其次是NOTCH1(14%) 和TP53(14%)，R/R 患者的TP53突变明显多于 TN 患者。在所有来那度胺治疗的患者中，del(17p) (P≤ .001)、del(11q) (P= .032)、复杂核型 (P= .022) 以及TP53(P≤ .001)、KRAS(P= .034) 和DDX3X(P≤ .001) 的突变与较差的总体反应相关（要么）。具有SF3B1和MGA突变的R/R 患者的OR 显着更差（分别为P= .025 和 0.035）。具有 del(17p) 和TP53突变的TN 和 R/R 患者的总生存期 (OS) 和无进展生存期 (PFS) 较差。在 R/R 患者中，复杂核型和SF3B1突变与较差的 OS 和 PFS 相关；DDX3X突变仅与较差的 PFS 相关。Weibull 回归多变量分析显示，TP53畸变（del(17p)、TP53突变或两者兼有）以及复杂核型和SF3B1突变与 R/R 队列中较差的 OS 相关。总之，CLL 中的癌症基因突变有助于已经全面的风险分层，并增加预后和对治疗的反应。

　　在这项研究中，我们对来自 288 名接受基于瑞复美/来那度胺的治疗的 CLL 患者的标本中的 295 个基因进行了靶向捕获测序。我们的结果强调了 CLL 中显着的突变异质性。至少有 1 名患者发生了 61 个基因突变，超过 15% 的患者没有单个基因发生突变，这凸显了 CLL 的基因组多样性。最常发生突变的分子途径包括 MAPK 细胞外信号调节激酶途径（KRAS和BRAF）、NOTCH 途径（NOTCH1和FBXW7）以及参与信使 RNA（mRNA）加工/翻译的途径（SF3B1、XPO1和DDX3X), DNA 损伤修复 (ATM、TP53和POT1）和炎症（MYD88、DDX3X和BIRC3）。

　　本研究的结果增加了之前进行的 2 项类似测序研究的结果。在达纳法伯癌症研究所 (DFCI)/国际癌症基因组联盟 (ICGC)/CLL8 试验中，对 278 名 TN CLL 患者的标本进行了 WES，这些患者接受了一线氟达拉滨和环磷酰胺联合或不联合利妥昔单抗SF3B1，TP53和RPS15突变与较差的 PFS 和 OS 相关。在 CLL11 试验中，对 161 名接受苯丁酸氮芥联合或不联合利妥昔单抗或奥比妥珠单抗治疗的 TN CLL 患者的 85 个基因进行靶向测序，KRAS和TP53突变与治疗反应较差有关，而TP53和POT1突变与较差的 PFS 和 OS 相关。这些研究报告了几个基因的突变频率，包括NOTCH1、NFKBIE、FBXW7和DDX3X，这些基因与本研究的 TN 患者（N = 102）显着不同。此外，我们的研究发现了一些先前研究没有发现的突变，包括DNMT3A、SPEN、TET2、SETD2、RB1和CREBBP的突变。DNMT3A、ASXL1和TET2中的突变通常在髓系恶性肿瘤中发生突变，但在 CLL 中很少发生突变。因为我们对大量骨髓或外周血样本进行测序，而不是对纯化的 CLL 细胞进行测序，所以这些突变可能代表与 CLL 不直接相关的不确定潜力的克隆造血。这 3 个突变的中位变异等位基因频率仅为 8.9%（IQR，7.2% 至 12.8%），支持这种可能性。如果属实，这表明 CLL 可能不是由不确定潜能的克隆造血引起的，这是一个具有启发性的发现；然而，需要对来自 CLL 患者的骨髓样本中纯化的骨髓和淋巴部分进行突变定位，才能得到明确的答案。

　　我们庞大的研究人群使我们能够对 CLL 突变之间的成对关联进行详细分析。具有IGHV突变的患者MYD88突变和 del(13q)显着富集，而没有IGHV突变的患者具有更频繁的NOTCH1和XPO1突变，这与之前的报道一致。其他人假设IGHV未突变的 CLL 源自前生发中心幼稚 B 细胞，而IGHV突变的 CLL 源自后生发中心记忆 B 细胞。MYD88突变常见于后生发中心 B 细胞恶性肿瘤，例如华氏巨球蛋白血症和边缘区淋巴瘤，这表明 MYD88 通路激活在后生发中心 B 细胞恶性肿瘤中具有重要作用。我们还发现了NOTCH1突变和SPEN突变之间的显着共现。SPEN（以前称为 MINT 或 SHARP）与 DNA 结合蛋白 RBPJ 形成复合物，并抑制 NOTCH1 的反式激活活性。SPEN的突变我们确定的所有截断突变都聚集在外显子 11 上，因此预计会破坏 SPOC C 末端结构域。该结构域已被证明在 SPEN 异二聚化中具有重要作用，并在 NOTCH 信号传导中具有抑制作用。总之，这些发现表明，SPEN中的功能丧失突变与NOTCH1的激活突变协同作用，以进一步增强CLL 中的NOTCH信号传导。在边缘区淋巴瘤30和腺样囊性癌中也报道了NOTCH信号通路和SPEN的突变，这进一步支持了这两种突变共享致癌机制的观点。

　　在本研究中，先前已知的高风险特征如 del(17p)、del(11q)、复杂核型和TP53突变影响了对基于瑞复美/来那度胺的治疗的反应。在 R/R 队列中，TP53突变和 del(17p) 预测较差的总生存期。这一结果与 Bühler 等人的报道相矛盾。在他们对 104 名接受来那度胺治疗的 R/R CLL 患者的研究中，他们发现TP53突变和野生型患者的 OS 没有统计学差异。这种差异可能是因为TP53野生型患者在他们的队列中的 OS 比我们的要短得多（TP53 的中位OS在 Bühler 的队列中，野生型患者为 35.4 个月，而在我们的队列中为 62.2 个月）。因为TP53 突变患者的中位 OS 在 2 项研究之间没有差异（Bühler's 为 19.4 个月，我们的为 20.2 个月），TP53野生型患者的较短 OS 很可能导致他们的研究存在统计学上不显着的差异。Bühler 队列中TP53野生型患者的短 OS可能是由于疾病处于更晚期阶段（他们的队列中有 60% 有 3 种或更多先前治疗，而先前治疗的中位数为 2 [IQR，1- 4] 在我们的 R/R 队列中），或者因为我们 75% 的 R/R 患者接受了瑞复美/来那度胺的抗 CD20 单克隆抗体，这可能不成比例地影响了TP53野生型患者。然而，我们的研究和之前的研究结果表明，TP53突变和 del(17p) 是 CLL 中普遍的低风险特征。尽管在TP53突变/del(17p)患者中报告了对 ibrutinib 和 venetoclax 等新型药物的令人鼓舞的反应，这些患者与没有这些异常的患者相比仍然表现不佳，表明该人群强烈的未满足的治疗需求。

　　IKZF3突变的 CLL 患者也怀疑对瑞复美/来那度胺治疗产生抗性，因为瑞复美/来那度胺已显示通过 CRBN 介导的多发性骨髓瘤细胞系中的泛素化诱导IKZF3降解。第二个锌指结构域IKZF3 内p.L162R的关键突变降低了来那度胺诱导的 293T 细胞泛素化。因为我们的队列中只有 7 名患者有IKZF3突变，我们没有发现 IKZF3 突变和野生型患者之间的治疗反应或生存率存在统计学显着差异。随着最近添加高效的小分子抑制剂，如依鲁替尼或维奈托克，瑞复美/来那度胺耐药背景下的IKZF3突变可能与 CLL 不相关。也就是说，该突变被证明与化学免疫疗法后复发时的克隆扩增有关并且在其他 B 细胞恶性肿瘤中也检测到，尽管频率较低；因此，它的致癌潜力仍然令人感兴趣。

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