布加替尼与ALK的结合力介绍:为了阐明布加替尼对WT和突变的ALK的结合亲和力,在6种抑制剂-ALK系统上进行了MD模拟,然后进行MM / GBSA计算。计算得出的布加替尼与WT,L1196M,G1269A,F1174L和R1275Q ALK的结合自由能分别为-41.36,-43.50 -44.47,-42.68和-39.31 kcal / mol,克唑替尼-ALK为-37.18 kcal / mol。摩尔尽管实验数据低于计算的结合自由能,但计算的结合自由能值始终遵循实验活动的顺序,除了G1269A突变体具有更高的计算结合自由能。相对于WT ALK复合物,布加替尼与G1269A,L1196M,F1174L和R1275Q突变的ALK的结合自由能分别改变了3.13、2.16、1.34和-2.03 kcal / mol。
根据结合自由能的能量项,范德华(ΔEvdW),静电(ΔEele)和非极性(ΔE非极性)溶剂化能量的成分对brigatinib和crizotinib的结合起着巨大的作用。在这三个术语中,范德华相互作用(G1269A为-59.02 kcal / mol,R1275Q为-53.49 kcal / mol,F1174L为-58.01 kcal / mol,L1196M为-57.99 kcal / mol)是其中的主要驱动力。稳定四个突变系统的结合亲和力。静电贡献(G1269A为-19.49 kcal / mol,R1275Q为-18.95 kcal / mol,F1174L为-12.86 kcal / mol,L1196M为-15.73 kcal / mol)几乎是范德华贡献的三分之一。
较强的和不利的极性溶剂化相互作用(∆GGB)抵消了完全有利的相互作用,产生不利的极性贡献(∆Gpolar)。范德华贡献(ΔEvdW)和非极性溶剂化贡献(ΔGSA)的总和是有利和重要的非极性贡献(ΔEnonpolar),它们比不利的极性贡献(ΔE极性)在四个突变的复合物中,表明活性口袋的疏水氨基酸残基在蛋白质与药物的结合过程中起着至关重要的作用。那
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