研究人员发现了PD-1的另一个重要作用：可以帮助T细胞训练，对于T细胞的免疫耐受有着重要的作用。以往的研究已表明，在淋巴细胞减少的环境中产生的大多数T细胞的PD-1的表达都会随时间的增长而减少。研究人员通过检测10-12周龄的成年小鼠，发现在其胸腺及外周脾细胞中存在稳定表达的PD-1。而在外周新产生的CD4阳性的脾细胞则非常少的有PD-1表达，仅有15%的T细胞表现为PD-1阳性。研究人员表示：“在我们的体内，都拥有这些新制造的T细胞，当它们在我们体内循环时，则会增加患自身免疫疾病的风险，而通常在健康免疫系统中的PD-1会抑制这种风险，这就是为什么在这些T细胞在PD-1缺失的情况下更易引起自身免疫疾病。”
那么，PD-1是如何抑制自身免疫疾病的风险呢？研究结果显示：PD-1可通过调节体内pMHC信号的阈值水平来控制自身免疫性疾病。在缺乏PD-1的情况下，T细胞激活所需的信号阈值水平较低，更容易被激活，从而引起广泛的自身免疫攻击。也就是说：PD-1帮助T细胞更好地识别异常细胞，降低了T细胞的敏感性，只有那些异常的细胞才会激活T细胞。在肿瘤治疗的过程中，产生腹泻和皮疹这样的副作用很可能是PD-1正在起作用。而更关键的是：在自身免疫疾病之中，或许PD-1也是一扇崭新的大门，可以帮助自身免疫疾病开拓出一条全新的治疗之路。
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