（1）发生变异。丙型肝炎病毒也同其他病毒一样发生变异，在变异时会把自己重要的基因隐藏起来，保持相对稳定，而把不太重要的免疫选择和进化的基因放在容易发生变异的位置，并不停地变换着花样，使病毒能够很快适应环境和逃避人体免疫系统的清除。（2）不合成蛋白。丙型肝炎病毒不能自己合成蛋白，常“借用”人体细胞的蛋白合成机制来合成病毒蛋白。它不仅利用人体细胞的蛋白合成机制，而且，还在细胞内进行破坏活动。当丙型肝炎病毒在肝细胞内复制时，常会引起肝细胞结构和功能的改变，或者干扰肝细胞蛋白合成，造成肝细胞变性坏死。
（3）破坏肝细胞。丙型肝炎病毒不仅通过人体免疫系统导致肝细胞坏死，还会直接破坏肝细胞，引起肝炎。故有50%以上的丙型肝炎病毒感染者会发展为慢性肝炎，20%发展为肝硬化，12%发展成肝癌。（4）能再感染。人体对丙型肝炎病毒感染的保护性免疫能力差，能够再感染不同株，甚至可以感染同株的丙型肝炎病毒。这可能与丙型肝炎病毒感染后病毒在血中的水平低及病毒基因变异有关。
（5）不立即产生抗体。人体感染丙型肝炎病毒后，不能立即使机体产生对抗病毒的抗体，或产生的抗体非常低，以致不能测定抗体的存在。感染后有较长的“窗口期”。尽可能不断更新检测方法，使“窗口期”从原来的平均15周缩短到平均11周，但是比甲肝和戊肝的30天还是长得多了。（6）感染不同。不同国家的人所感染的丙型肝炎病毒类型也不同。欧美国家多数为Ⅰ型感染，亚洲国家以Ⅱ型为主，Ⅲ型次之，非洲一些国家的主要流行株是Ⅳ型和Ⅴ型。
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