随着试管婴儿之父—英国科学家罗伯特·爱德华兹获得2011年诺贝尔生理学与医学奖，全球已有约接近500万试管婴儿。在对巴厘岛试管婴儿倍感兴趣的同时，人们更加关心的是试管婴儿技术的安全性如何？下面就聊聊试管婴儿技术使用过程中的一些安全问题。试管婴儿技术使用过程中，需要使用促排卵技术，常常会刺激多个卵泡发育。如果发育的卵泡数目过多，如超过20个，就可能造成卵巢过度刺激综合征，即出现腹胀、腹水、尿少等症状和体征。卵巢过度刺激综合征是能自愈的疾病。多数女性不需要特殊治疗，只有极个别患者需要住院治疗，愈后良好。近年来，随着临床方案的优化、促排卵药物使用剂量的减少，这一现象也在逐年减少。试管婴儿技术的另一个并发症就是多胎妊娠了。多胎妊娠除了在孕期加重孕妇的身体负担外，还容易出现早产、流产以及各种产科并发症，给女性的身心带来创伤。但随着单胚胎移植的日渐实施，多胎妊娠明显减少。
与自然怀孕出生的宝宝相比，巴厘岛试管婴儿的出生缺陷增加吗？出生缺陷是准爸爸、准妈妈最关心的问题。2005年美国科学家做了一项研究，比较了1500名采用试管婴儿技术出生的婴儿、340名采用人工授精技术出生的婴儿和8400名自然受孕婴儿的出生缺陷发生率，发现三者的缺陷率分别6.2%、5.0%和4.4%。试管婴儿出生缺陷率略高的原因，与采用试管婴儿助孕的女性普遍存在着年龄偏大、原发疾病多等等不利因素，影响胚胎、胎儿发育，相应的增加了婴儿遗传缺陷所致。除了上述研究以外，目前关于试管婴儿的出生缺陷率报道不一，是否会增加出生缺陷也存在很大争议。第二代试管婴儿技术（即卵胞浆内单精子注射技术）是将精子注射入卵子，许多人担心容易损伤卵子，引起孩子发育异常，但大多数研究未发现该技术导致出生缺陷增加。
仅有个别文献报道，应用第二代巴厘岛试管婴儿技术出生的男婴睾丸不降比率略有增加，但是该病通过小手术就能解决。近年来人们逐渐认识到体外培养对胚胎的基因后成修饰的影响，一些罕见的印记基因疾病如伯-韦综合征、安琪儿综合征与试管婴儿技术相关，但是这些印记基因疾病总的发生率小于1:12,000，概率非常低。在某些方面，试管婴儿甚至会减少遗传病的发生，比如通过采用第三代试管婴儿技术—胚胎种植前遗传学诊断或筛查，可以避免多种遗传性疾病发生，譬如地中海贫血等等，这是自然受孕无法做到的。
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