目前各指南推荐的乙肝抗病毒一线药物为恩替卡韦、替诺福韦和聚乙二醇干扰素，其他可选择的药物有阿德福韦、替比夫定和拉米夫定。抗病毒治疗是一个漫长的过程，正确评价抗病毒疗效，必要时调整治疗方案是保证疗效的关键。评价抗病毒疗效好还是不好，我们可以用三组数据来衡量。第一：血清HBV DNA载量。血清HBV DNA载量代表了乙肝病毒复制的活跃程度，HBV DNA载量越高，说明病毒复制越活跃，数量越多。对于血清HBV DNA的检测，需要明确的一个概念是，如果检测报告为<1000 copies/ml或<500 copies/ml或<20IU/ml，并不等于说体内一个病毒也没有了，只是表明，你的血液中病毒载量已经很低，在现有的检测水平下没有检测到。另外需要说明的是，血清HBV DNA载量的高低并不代表病情的轻重，病情的轻重主要看肝功。载量低于可检测水平是抗病毒治疗的初级目标。
第二：血清HBeAg水平。HBeAg是乙肝病毒特有的一种抗原，与病毒的载量相关，e抗原水平越高，病毒载量也越高，所以e抗原水平也反映了患者传染性的高低，e抗原水平越高，传染性越强，反之亦然。
第三：血清HBsAg（表面抗原）水平。表面抗原是乙肝病毒的外壳蛋白，是乙肝病毒感染的标志，只要它阳性就说明体内存在乙肝病毒。和HBeAg一样，表面抗原也有定性和定量两种检测方法，定性只分阴性和阳性，多用于诊断初筛，而评价抗病毒疗效，多采用定量检测法，报告的是具体数值。表面抗原持续下降提示抗病毒疗效好，如表面抗原水平无改变则可能需要调整方案。有研究认为，在干扰素治疗前如果患者血清表面抗原> 10000 IU/ml，且HBV DNA＞2×10^8 IU/ml，则干扰素的疗效差。HBeAg阳性慢性乙型肝炎患者接受聚乙二醇化干扰素α治疗，如果治疗24周表面抗原<1500 IU/ml，继续单药治疗至48周可获得较高的HBeAg血清学转换率。表面抗原消失、同时出现表面抗体提示乙肝病毒彻底清除，是乙肝抗病毒治疗的终极目标。
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