就像艾滋病毒检测一样，在所谓的“窗口期” - 感染后的时间，但在免疫系统开发出抗体之前，会出现假阴性。对于hep C，大约需要四到六周。在此期间，由于没有检测到抗体，因此ELISA将呈阴性。然而，RNA测试将确定病毒的存在，特别是考虑到测试的高度敏感性以及病毒与体内高水平相乘的速度。
那些免疫系统受抑制，包括艾滋病毒感染者，由于其抗体的开发能力下降，可能更有可能测试假阴性。
假阴性情况的症结在于，大多数情况下只能进行ELISA检测，因此无法准确诊断病毒。考虑到医学指南仅针对许多人口统计学建议一次性测试，这可能是早期识别病毒和等待直到几十年过去，肝脏疾病引起另一次测试的区别。
因此，如果您最近接触了hep C，最好在三个月后通过ELISA检测重新检测hep C，或获得RNA筛选。Hep C风险因素以粗体列出。
可能表明一种新的，也称为急性感染hepC的测试是丙氨酸氨基转移酶，或ALT，肝脏检测。可能在Hep C抗体发展之前可能发生的不规则结果可能表明病毒感染。这几乎不是一个万无一失的检测方法，但是由于ALT可以由于各种原因而升高，因为或许其中一半以上具有正常阅读能力。